1、来源不同。小黄米，是北方的谷米，是由谷子加工而来。小黄米味甘咸，有滋阴养血、健胃除湿、益肾补虚及安神的功效，常作为妇女产后进补食物。黄米本是北方一种粮食，照字典的解释，是去了壳的黍子。大黄米（又称“软黄米”），与“小米”非同一种作物，是由糜子（黍）去皮加工而成。
2、产地不同。小黄米原产中国北方，是古代黄河流域重要的粮食作物之一，在河北、河南、山东、山西等省份，黄米是人们日常的主要食品。大黄米多分布于印度、尼日利亚、俄罗斯、中国，我国华北、西北多有栽培。
3、功效不同。小黄米具有和中益肾、除热、解毒等功效。大黄米益气补中。治泻痢、烦渴、吐逆、咳嗽、胃痛、小儿鹅口疮、烫伤。