玻尔模型中仍然使用了经典的电子轨道概念，这使得它在处理微观电子行为时遇到了许多问题。根据经典电动力学，加速运动的电子会发射电磁波，从而导致能量损失。然而，在玻尔模型中，处于定态的电子却不会发出电磁辐射，这一矛盾无法得到解释。
玻尔模型对电子跃迁过程的描述也显得模糊不清，这进一步削弱了其在物理学界的地位。包括卢瑟福、薛定谔在内的多位著名物理学家都对玻尔模型提出了质疑。玻尔的导师约瑟夫·汤姆生也拒绝对此发表任何评论，而薛定谔更是直接评价说这是“糟透的跃迁”。不仅如此，玻尔模型在解释氢原子光谱强度和精细结构方面表现不佳，更复杂的氦原子光谱以及其它原子的光谱也无法得到合理解释。
正因为如此，玻尔在1922年获得诺贝尔物理学奖时指出，玻尔理论还只是一个初步的理论，许多基本问题仍然需要解决。尽管玻尔模型存在诸多问题，但它引入了量子化的概念，标志着“半经典半量子”的理论模型。彻底解决原子光谱的问题，需要抛弃传统的经典轨道观念，转而采用量子力学的方法。尽管玻尔模型遇到了许多挑战，但它展示了量子假说的活力，并为经典物理学向量子物理学的过渡铺平了道路。
