档案整理是一项重要业务活动，其目的是将文件材料按科学方法整理成有序体系，便于保管和利用。《机关档案管理规定》提出了档案整理的基本原则，包括遵循文件材料的形成规律、保持文件材料间的有机联系、区分不同价值，以利于保管和利用。档案整理的基本流程分为五个步骤：组件、分类、排列、编号与编目。
组件是档案整理的第一步，涉及确定档案的基本整理单位，即组件或组卷，明确件（卷）构成及其排序。文书档案的构成较为复杂，包括文件处理单、正本、定稿等。照片、录音、录像、实物档案则根据其特性确定件内排序。
分类是将完成组件的档案归类，按分类方案划分并归入相应层次和类别，揭示档案内在联系，使之形成有机体系。文书档案通常采用年度、机构（问题）、保管期限进行复式分类。规模较大或公文程序适于机构（问题）分类的立档单位，采用三级分类；规模较小或公文程序不适于分类的，则采用两级分类。
排列是在分类方案最低一级类目内，根据一定方法确定档案的先后次序。文书档案按时间结合事由排列，同一事由的文件按形成先后顺序排列；科技档案则按课题研究、项目建设工作顺序排列，照片、录音、录像、实物档案则按时间排列。
编号是确定档案的唯一标识符。以件为单位整理的档案，其编号规则为：全宗号—档案门类代码·年度—机构（问题）—保管期限—件号。以卷为单位整理的档案，其编号结构为：全宗号—目录号（类别号、项目号）—案卷号—件、页（张）号。
编目是编制档案目录，包括归档文件目录、案卷目录和卷内文件目录。目录编制应依据分类、排列的结果，按档号顺序逐卷、逐件进行。在信息化条件下，档案目录不仅体现为纸质目录，也体现为电子目录，方便手工查阅、档案交接和计算机检索。
虽然不同门类档案整理的一般要求基本相同，但在具体要求上存在一定差异。《机关档案管理规定》提出了“卷件融合”新思路，从整理思路、档案管理、档号编制、目录编制上统一卷、件整理方法，实现档案资源的融合管理。
