成本结构分析是管理者在制定经营策略、控制成本、提高利润等方面经常使用的一种工具。但是成本结构分析也有其局限性，需要注意以下几个问题：
成本分类不准确：成本结构分析的前提是正确的成本分类。如果成本分类不准确，那么得出的结论也会存在偏差。因此，需要在成本分类时要注意分类标准的准确性和适用性。
成本与产量关系变化：成本结构分析通常是在一定的产量范围内进行的，但是随着产量的变化，成本结构也会发生改变。因此，需要根据实际情况进行灵活调整，以保证分析结果的准确性。
忽略非成本因素：成本结构分析通常只考虑成本因素，而忽略了其他非成本因素对经营决策的影响。这些非成本因素可能会对决策产生重要影响，因此需要在决策时进行综合分析。
只关注长期成本：成本结构分析通常关注的是长期成本，而忽略了短期成本的影响。在实际经营中，短期成本也是需要考虑的因素，因此需要在分析中进行综合考虑。
总之，成本结构分析是一种非常重要的工具，但是需要注意以上几个问题，以保证分析结果的准确性和可靠性。