深圳二档和三档医保有什么区别分为两类，具体如下：
1、缴费标准不同。医保二档缴费基数为深圳市上年度在岗职工月平均工资，缴费比例为0.8%（基本医保+地方补充医保），其中单位缴纳0.6%，个人缴纳0.2%。医保三档缴费基数为深圳市上年度在岗职工月平均工资，缴费比例为0.55%（基本医保+地方补充医保），其中单位缴纳0.45%，个人缴纳0.1%；
2、就医原则不同：二档参保人：门诊在绑定社康中心就医，住院在市内任一定点医疗机构就医，门诊大病在规定医疗机构就医。三档参保人：门诊在绑定社康中心就医，住院及门诊大病在规定医疗机构就医。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
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