合同纠纷仲裁程序有以下三个步骤：
1、申请和受理
(1)申请，是指一方当事人根据合同仲裁条款或事后达成的仲裁协议，将发生的争议依法请求仲裁委员会进行仲裁的行为。提起仲裁申请是当事人为获得仲裁、解决纠纷的一种请求，是保护自身合法权益的一种手段，也是仲裁机构行使仲裁权的前提。只有当事人提起仲裁申请，仲裁委员会才能受理案件。
(2)受理，是指仲裁机构对当事人的申请进行审查后，认为符合受理条件，决定立案进行仲裁的程序。受理是仲裁程序的开始，是仲裁机构开始行使管辖权的标志。
2、仲裁庭的组成。仲裁机构仲裁案件，不是仲裁委员会直接仲裁，而是通过一定的组织实现的，这个组织称为仲裁庭。根据仲裁法的规定，仲裁庭组成有两种组织形式：
(1)独任仲裁庭，即由一名仲裁员组成的仲裁庭。
(2)合议仲裁庭，即由三名仲裁员组成的仲裁庭。仲裁庭的组织形式由当事人约定，仲裁员由当事人选定或委托仲裁委员会主任指定。
3、开庭和裁决。
(1)开庭是仲裁庭在双方当事人和其他仲裁参与人参加下，对仲裁请求进行实体审理和裁决的活动。开庭是仲裁活动的实质阶段。其目的是查清事实、分清是非、正确适用法律、确认当事人之间的权利义务关系。
(2)裁决是指仲裁庭在实体上对当事人权利义务作出裁断。裁决是仲裁审理的最终程序，一经作出即发生法律效力。
一、仲裁简易程序和普通程序的区别
（一）适用情形不同。如果当事人没有另外约定，争议金额超过人民币50万元的，适用普通程序；凡是争议金额不超过人民币50万元的，或争议金额超过人民币50万元并经一方当事人书面申请并征得另一方当事人的书面同意的，适用简易程序。（二）仲裁庭的组成不同。根据《仲裁规则》的规定，仲裁庭分为独任仲裁庭和合议仲裁庭两种。独任仲裁庭由一名仲裁员组成，合议仲裁庭由三名仲裁员组成。当事人可以约定仲裁庭的组成形式。适用简易程序的案件，由一名仲裁员组成独任仲裁庭予以审理。对于其他大部分适用普通程序的案件，除非当事人另有约定，一般由三名仲裁员组成的合议庭审理。（三）答辩和反请求的期限不同。国内案件以及简易程序案件的被申请人应在收到仲裁通知之日起20天内向仲裁委员会秘书局(处)提交答辩书和有关证明文件。涉外普通程序案件的被申请人应在收到仲裁通知之日起45天内向仲裁委员会秘书局(处)提交答辩书和有关证明文件。被申请人可以对答辩进行补充或修改。被申请人应当在仲裁庭规定的期限内提交答辩材料。仲裁庭认为有正当理由的，可以适当延长此期限。仲裁庭有权决定是否接受逾期提交的答辩书。被申请人可以在仲裁程序中提出反请求。反请求最迟应在收到仲裁通知之日起45天内(涉外普通程序案件)、20天内(国内案件、简易程序案件)提交仲裁委员会。仲裁庭认为有正当理由的，可以适当延长此期限。（四）首次开庭通知的时间不同。仲裁案件第一次开庭审理的日期，由秘书局(处)于开庭前20天(涉外普通程序案件)或15天(国内案件、简易程序案件)通知当事人。但第一次开庭以后的开庭审理日期以及延期后开庭审理日期的通知，不受20天或15天期限的限制。当事人有正当理由的，可以请求延期开庭，但必须在开庭前10天(涉外普通程序案件)或7天(国内案件、简易程序案件)以书面形式向秘书局(处)提出，是否延期，由仲裁庭决定。（五）作出裁决的期限不同。普通程序中作出裁决的期限为组庭之日起6个月内(涉外普通程序案件)或4个月内(国内案件)。简易程序中，仲裁庭应在组庭之日起3个月内作出裁决。仲裁庭要求，并经仲裁委员会主任批准，裁决期限可以适当延长。