法律分析：垫付工程款纠纷处理方法如下：
(一)违法分包、非法转包挂靠等造成合同无效时，工程价款的处理办法；
1、如果建筑工程质量合格，可以参照合同约定的结算工程价款进行结算。
2、如果建筑工程经竣工验收不合格，分两种情况处理：
(1)可以修复的，修复后经竣工验收合格，应由承包方承担修复费用;
(2)修复后不合格的，将不支付承包人的工程价款。
3、如果发包人对建筑工程有过错，也应承担相应责任，如：提供设计不合理，提供或指定购买的材料不符合强制标准，直接指定分包人分包专业工程等。
(二)承包人非法转包、违法分包或没有资质的实际施工人借用资质签订的合同无效。
一、施工合同无效，工程价款怎样处理
在建设工程合同无效的情况下，工程款的支付结算可以分为三种情形：
第一，工程合格的，可以直接参照合同关于工程款支付的约定进行结算。第二，工程不合格，但经修复后竣工验收合格的，由承包人承担修复费用，工程款也可以参照合同的约定进行结算支付。第三，工程不合格，且经修复后竣工验收仍不合格的，发包人可以拒绝支付工程款。
二、发包人对工程质量承担责任的情形有什么
发包人对工程质量承担责任的情形：
1、提供的勘察设计存在缺陷。建设项目应遵循先勘察、后设计、再施工的程序；
2、提供或指定购买的建筑材料、配件和设备不符合国家强制性标准；
3、直接指定分包商承包专业项目。分包是指总承包人根据合同或发包人许可将施工任务中的专业项目移交给具有相应资质的发包人的行为。总承包商和分包商对分包项目的发包人承担连带责任。
法律依据：《施工合同纠纷解释》第六条
当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。
国务院国发办78号文件要求垫资工程必须在招投标文件中明确垫资金额、期限、利息支付等内容，否则不能要求承包方垫资。