一般来说，对于比较小的狗狗，如果比利时牧羊犬窝咳比较轻微的话，可能稍微的给其加强营养，好好休息一到两周就可以自愈，但是在这个过程当中，可能还需要使用到抗生素预防继发感染和用药物缓解咳嗽的症状。
治疗比利时牧羊犬窝咳还可通过雾化器使狗狗将药物吸入呼吸道，治疗效果比较明显，但是在治疗的过程当中需要注意不可刺激比利时牧羊犬的气管，以免对气管造成二次损害；在治疗的过程当中，也最好将患病的比利时牧羊犬进行隔离治疗，避免传染给健康的比利时牧羊犬。
比利时牧羊犬窝咳主要通过空气进行传播，也可通过直接接触进行传播；此病虽然治愈率很高，但是会对比利时牧羊犬的健康造成一定的影响，对于六个月以下的比利时牧羊犬和免疫功能低下的可能更加容易感染和严重。